11月30日，中新社援引臺灣“中央社”報道稱，臺灣複興航空上周才因無預警停飛被臺民航部門開罰，臺灣“飛航安全調查委員會”28日又公布處分書，指複興航空透過媒體挑起輿論，影響事故調查公正，處新臺幣300萬元罰款。
今年5月11日，臺灣某雜誌以《檢追複航南港空難真相，ATR驚爆系統重大瑕疵》為題，報道GE235複興航空南港基隆河空難，其中對事故航機ATR72之系統及事故發生原因有諸多討論，引發爭議。
“飛安會”28日在網站公布處分書，內容提到，複興航空於今年2月就主動與該雜誌聯系，安排報道GE235飛航事故及模擬機測試相關事宜。
“飛安會”認為，複興航空於調查中故意對特定媒體揭露應保密的飛航事故調查相關數據，意在透過媒體報道挑起輿論施壓“飛安會”，以影響事故調查結論的公正性，對空難後續訴訟案件的審理恐有負面影響。
“飛安會”表示，複興航空違法行為損害社會重大公益至深，不僅破壞調查團隊內部信賴關系，並有損國際聲譽，故依法裁罰新臺幣300萬元。
複興航空為臺灣第一家民營航空業者，於1951年創立。主要經營臺灣地區內航線、兩岸航線以及區域國際航線等。樞紐機場為桃園機場及臺北松山機場，提供客運和地勤代理的服務，目前是臺灣第三大航空公司。
11月21日下午，臺灣複興航空突然發布消息稱，複興航空將於22日全面停航一天，22日下午複興航空舉行重大訊息說明記者會指出，臨時董事會已通過解散公司，將交付股東會討論，並於通過後執行。複興航空也成立因應小組，處理退票事宜，所有員工比照“勞基法”資遣。
臺灣民航管理部門表示，複興航空停航一事從未報告，還是21日上午傳出消息後，民航管理部門向複興航空詢問才獲知，複興航空以無預警方式停航，嚴重影響旅客權益，“民航局”會依“民航法”裁罰。根據臺灣相關“民航法”，航空公司違反規定，可罰新臺幣60萬元到300萬元。