從1999年到2013年，十五年的行長任期內，是招商銀行與馬蔚華相互成就的十三年。
在馬蔚華的執掌下，招商銀行進行多項改革，實施兩次轉型，成為銀行業改革的一面旗幟，而作為銀行家，招行的十三年，也讓馬蔚華迎來了職業生涯高峰。
從招行卸任之後，馬蔚華的工作重心，從銀行業轉向了公益事業，為國內公益事業奔走呼籲，並身體力行在公益事業一線。踏上新的戰場之後，銀行業的豐富經驗，又讓他為公益事業帶來了新的活力。
引領招行轉型
1999年，馬蔚華擔任招行行長之後，針對當時該行業務規模偏小、競爭優勢不明顯的情況，主持制定了業務網絡化、資本市場化和發展國際化三步走的戰略。2004年，該行又實施第一次轉型。
鑒於IT技術、互聯網的蓬勃發展，早在1995年、1998年，招行就已推出基於客戶號管理、本外幣及定活期儲蓄的一卡通、網上銀行一網通兩大業務產品。
一網通、一卡通在馬蔚華上任前就已推出，但在馬蔚華任期及此後時間內，得到快速發展。以一卡通為例，截至2015年底，卡均存款達1.18萬元，累計交易額達2萬億元，同比增長20.13%，超過全國平均水平。
三大戰略中，通過A+H上市，解決了此前困擾招行的資本補充問題。而國際化戰略，也逐步得到實現。2002年，招行設立香港分行，並於2008年，招行在美國設立紐約分行、並購香港永隆銀行。
隨後，在馬蔚華主持下，招行又在2004年實施第一次轉型，加快發展零售業務、中小企業業務和中間業務，致力於調整資產結構、負債結構、客戶結構與收入結構。截至2015年末，招行儲蓄存款占自營存款的比重為34.1%，零售貸款占自營貸款的比重為41.8%，非利息收入占零售營業收入的比重為33.4%。
面對國內高凈值客戶快速增長帶來的財富管理需求，招行還在2002年、2007年先後推出“金葵花”理財，並成立私人銀行。截至2015年末，招行在京、滬、深等重點城市成立了45家私人銀行中心，客戶超過4.9萬戶，管理客戶總資產接近1.3萬億元，戶均資產居於境內同業首位，而且開辦三年即盈利。
隨著社會轉型、經濟轉軌和觀念轉變的持續推進，國內銀行所面臨的外部環境、約束條件和社會需求已經和正在發生深刻變化。基於這種考慮，在馬蔚華擔任行長的第十年，招行於2009年再次提出並實施二次轉型，其目的就是降低資本消耗，提高風險定價能力，節約成本，並最終實現提高資本收益率的目標。
轉戰公益
除了招行原行長兼首席執行官的銀行家身份，熱心公益事業的馬蔚華，卸任之後除了繼續活躍於金融領域，還多出了一項慈善家的社會身份，在多家慈善機構擔任職務。
馬蔚華還在行長任上時，招行就與壹基金進行了合作。卸任之後，在王石、李連傑力邀之下，擔任了壹基金理事長。此外，他還任職於深圳國際公益學院等公益機構，並擔任董事會主席職務。
在從事公益、慈善事業的同時，馬蔚華將在金融領域的經驗引入進來，提出了公益信托的思路，將所有權、管理權、使用權分離，資金的所有權是捐款人的，使用權是被捐贈的人，管理則由專業團隊負責。並從2014年起，連續兩年在全國兩會上提出提案。
值得一提的是， 2014年全國兩會後，銀監會發布《關於信托公司風險監管的指導意見》，這個文件完善了公益信托制度，明確要大力發展公益信托。
馬蔚華一直呼籲，用商業的模式做公益，並在壹基金進行實踐，以慈善信托、公益創投等新領域，以新的形式參與公益。要求壹基金員工要加強產品和服務意識，要有一種狼性的精神去開拓市場。在戰略層面著眼於社會效益最大化。在制度層面，建立市場化的管理機制，激發機構活力。
馬蔚華認為，商業創新是順應國際公益事業新潮流之舉，也是應對競爭、優勝劣汰的需要。社會企業、公益創投，都是新生事物，普遍重視尋求公益與商業的整合，促使公益組織帶來重大的社會變革，使得資金得到增值，更多更好地用於公益事業。
作為資深銀行家，馬蔚華至今仍活躍在金融一線。2014年1月17日，科技部辦公廳、財政部辦公廳聯合發文，正式任命馬蔚華為國家科技成果轉化引導基金理事會籌備組組長。2014年7月16日，科技部、財政部正式委任馬蔚華為理事長，任期三年。該基金是由國家部委層面成立，專門引導科技型中小企業發展的母基金，現已完成對多個子基金的投資。