2017年1月1日起，馬耳他接任歐盟輪值主席國，為期6個月。此前，馬耳他列出了擔任輪值主席國的六項優先事項：難民和非法移民、單一市場、安全、社會包容、歐洲鄰國關系、海洋事務。然而，分析人士指出，歐盟面臨的難題不僅限於這些，首次擔任歐盟輪值主席國的馬耳他面臨著巨大挑戰。
2016年6月，英國公投決定“脫歐”令全球嘩然。同年12月，意大利修憲公投，反對陣營獲勝，總理倫齊宣布辭職。馬耳他大學歐洲研究所所長馬克·哈伍德認為，英國“脫歐”談判目前在其國內尚未形成共識，增添了歐盟走向的不確定性。同時，由於右翼政黨在政壇的影響，法國、德國、荷蘭2017年的選舉成為讓人擔心的大問題。
作為曾經的英國殖民地，馬耳他與英國有著密切良好的關系。馬耳他籍歐洲議會議員阿爾弗雷德·桑特認為，馬耳他面臨的最大挑戰是，英國“脫歐”談判開始後如何確保歐盟成員國和英國之間保持良好的溝通。
馬耳他大學歐洲研究所教授羅德利克·佩斯說：“歐盟主要成員國‘脫歐’和選舉，可能改變其政治方向。”對馬耳他來說，歐盟團結和歐洲一體化前景變數由此增加。
在馬耳他擔任輪值主席國期間，難民和非法移民問題將成為重要議題。據聯合國統計，2016年約有5000名偷渡的非法移民死於地中海，創下歷史最高紀錄。歐洲議會主席舒爾茨2016年12月初到訪馬耳他時表示，地處地中海北岸、毗鄰北非的馬耳他，在處理難民問題方面的經驗有助於歐盟找到解決難民危機的方法。
針對難民問題，馬耳他提出加強和簡化歐洲共同庇護制度，更加公平地分配成員國的移民負擔;嘗試修訂《都柏林條例》，其中關鍵一點是修改難民只能在入境歐盟的第一個成員國申請庇護的相關規定。歐洲理事會將今年6月定為修改《都柏林條例》的最後期限，但馬耳他內政部長阿貝拉表示，“要讓歐盟所有成員國都同意改革，很難”。
由於地緣關系，馬耳他特別關註和重視地中海地區的安全和難民問題。馬耳他總理穆斯卡特此前對媒體說，馬耳他堅持強調地中海地區的重要性，這一問題已成為歐盟領導人的主流共識，並將成為今年2月在瓦萊塔舉行的歐盟峰會討論的焦點。同時，馬耳他希望歐盟能夠在維護利比亞穩定、努力恢複中東和平進程、確保突尼斯民主過渡中發揮作用。
此外，過去一年，恐怖主義的幽靈依然在歐洲大陸徘徊，馬耳他希望在打擊恐怖主義、加固歐洲外部邊界的一些倡議方面取得重大進展。這些措施包括建立對第三國公民進出歐盟邊界登記制度、建立歐盟旅行信息登記和授權系統等。與此同時，馬耳他還將努力推動海上安全，對海上安全戰略的審查和對移民流動的關註將被放到首位。據了解，馬耳他將提出一項關於國際海洋治理框架的建議。
盡管近年馬耳他經濟形勢向好，但從歐盟整體來說，經濟不振仍導致民眾信心不足。對此，馬耳他提出，增長和就業仍然是歐盟整體需要優先考慮的事項，並提出要發展數字單一市場，取消漫遊費，努力達成公共場所實現WiFi網絡免費覆蓋協議;完善內部能源市場，加強所有歐盟公民能源供應安全;消除貿易壁壘，保護消費者等。
作為歐盟內的小國，接棒歐盟輪值主席國的馬耳他面臨著資源和經驗的“先天不足”。對此，穆斯卡特在2017年新年致辭中說，馬耳他必須“挺身而出”，確保在擔任輪值主席國期間幫助歐盟克服所面臨的嚴峻挑戰。馬耳他一直強調，它將扮演一個“誠實的中間人”角色，推動成員國之間達成協議。