財政部發布滬港通稅收規定稱，滬港通內地個人投資者投資聯交所股票差價所得三年內免征個人所得稅；對香港市場投資者（包括企業和個人）投資上交所上市A股取得的轉讓差價所得，暫免征收所得稅；對香港市場投資者（包括單位和個人）通過滬港通買賣上交所上市A股取得的差價收入，暫免征收營業稅。
香港市場投資者通過滬港通買賣、繼承、贈與上交所上市A股，按內地現行稅制規定繳納證券（股票）交易印花稅；內地投資者通過滬港通買賣、繼承、贈與聯交所上市股票，按照香港特別行政區現行稅法規定繳納印花稅。同時對其他有關稅收政策問題根據現行稅制規定予以明確。
對QFII（合格境外機構投資者）、RQFII（人民幣合格境外機構投資者）取得來源於中國境內的股票等權益性投資資產轉讓所得，暫免征收企業所得稅。
此外，對香港市場投資者（包括企業和個人）投資上交所上市A股取得的股息紅利所得，按照10%的稅率征收所得稅。
以下為財政部、國家稅務總局、證監會公布的滬港通試點及QFII、RQFII稅收政策公告：
經國務院批準，日前財政部、國家稅務總局和證監會聯合下發《關於滬港股票市場交易互聯互通機制試點有關稅收政策的通知》和《關於QFII和RQFII取得中國境內的股票等權益性投資資產轉讓所得暫免征收企業所得稅問題的通知》，對滬港通試點涉及的所得稅、營業稅和證券（股票）交易印花稅等稅收政策以及QFII、RQFII所得稅政策問題予以明確。
自2014年11月17日起至2017年11月16日止，對內地個人投資者通過滬港通投資香港聯交所上市股票取得的轉讓差價所得，三年內暫免征收個人所得稅。自2014年11月17日起，對香港市場投資者（包括企業和個人）投資上交所上市A股取得的轉讓差價所得，暫免征收所得稅；對香港市場投資者（包括單位和個人）通過滬港通買賣上交所上市A股取得的差價收入,暫免征收營業稅；香港市場投資者通過滬港通買賣、繼承、贈與上交所上市A股，按內地現行稅制規定繳納證券（股票）交易印花稅；內地投資者通過滬港通買賣、繼承、贈與聯交所上市股票，按照香港特別行政區現行稅法規定繳納印花稅。同時對其他有關稅收政策問題根據現行稅制規定予以明確。
自2014年11月17日起，對QFII（合格境外機構投資者）、RQFII（人民幣合格境外機構投資者）取得來源於中國境內的股票等權益性投資資產轉讓所得，暫免征收企業所得稅。
上述稅收政策對支持滬港通試點順利開展，促進中國內地與香港資本市場雙向開放和健康發展將發揮積極作用。
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