12月27日，深圳市審計局網站發佈了2011年深圳第26屆世界大學生夏季運動會（以下簡稱「大運會」）的財務收支情況。公告顯示，截至2012年9月30日，為舉辦大運會投入的資金共計139.96億元，收入合計12.17億元。審計發現，大運會存在部分項目未按規定實行集中採購，自行採購程序不規範等五類問題，但「未發現重大違法違規問題」。
在139.96億元的合計支出裡，包括大運會運行與保障支出44.90億元、場館建設支出75.20億元以及配套項目支出19.86億元。其中，44.9億元運行與保障支出主要用於開閉幕式、火炬傳遞、競賽組織、賽事服務、賽會志願者、賽事保障等各方面。
而在12.17億元收入裡，市場開發收入11.29億元，門票銷售收入0.58億元，參賽費等其他收入0.23億元，捐助物資折價收入0.07億元。
在總結評價時，深圳市審計局認為，相比投入的預算和概算數，深圳節約了15.37億元的資金。其中，大運會運行與保障支出比預算下達數節約4.2億元，場館和配套建設上，比總概算節約投資11.17億元。
《21世紀經濟報導》2011年8月報導指出，直接或間接投入到大運會及相關配套的建設資金有望超過2000億元。對此，深圳審計局解釋稱，大運會專項審計，按照奧運會、亞運會的成熟做法，遵循「相關性、一致性」的原則，以是否與賽事直接相關、是否屬於賽事特定的支出、是否在場館周邊等標準界定審計範圍，明確區分「辦賽事」與「辦城市」支出。按照上述原則和標準，有關軌道交通、市政道路、環境治理、市容環境提升等城市建設與更新的支出沒有納入本次大運會審計範圍。一些市民提到的所謂「穿衣戴帽」工程，屬於城市建設維護的一部分，其工程審計按政府投資項目審計監督的有關規定進行。
深圳審計局稱，大運會存在部分項目未按規定實行集中採購，自行採購程序不規範，部分工程結算不實，偏差率超過5%等五類問題。但「未發現重大違法違規問題」。
此前，大運會的財務透明度和監督機制曾受到諸多質疑，大運安保工程民警涉貪283萬一案也因此備受關注。《南方日報》12月5日報導稱，民警王某朝涉嫌在大運安保工程中多報保安員數量貪污280餘萬元，此外還打傷一名檢察院事務官妨礙公務犯罪。2012年11月28日，王某朝被宣佈以貪污罪和妨礙公務罪兩罪並罰獲刑14年。
另據《新京報》報導，12月1日，廣東紀委監察網發佈公告稱，深圳市原副市長梁道行同志因涉嫌嚴重違紀問題，正在接受組織調查。梁道行擔任深圳市副市長時分管衛生、體育等方面工作，曾擔任2011年深圳大運會執委會副主席兼秘書長、執行局局長，負責2011年大運會籌備組織工作。一些接觸過梁道行的政府工作人員和當地記者稱，梁道行嚴重違紀或與大運會經費問題有關。
對比北京奧運、廣州亞運
北京奧運賬單：2009年6月19日，審計署公佈了2008年北京奧運會財務收支審計結果，稱北京奧運會收支結餘超10億元。審計結果顯示，北京奧組委收入將達到205億元，較預算增加8億元。收入主要來自國際奧委會開發的市場收入和電視轉播權收入中按協議分配給主辦城市的部分，約佔組委會收入的40%。此外，北京奧組委在國際奧委會授權下實施的市場開發收入98.7億元；門票、住宿、收費卡等其他收入19.6億元，其中門票收入12.8億元。 北京奧組委支出將達到193.43億元，較預算略有增加。其中，最大一項支出是賽時電視轉播、住宿、交通、醫療、餐飲等服務支出，這一項高達50.92億元。
廣州亞運賬單：2011年11月25日，廣東省審計廳發佈的審計報告顯示，截至當年4月30日，2010年廣州亞運會和亞殘運會共計投入174.78億元（未扣除結餘），比此前廣州市財政局對外公佈的「預算136億元」，多出近40億元。其中，中央財政1.8億元，廣東省級財政42.49億元，廣州市及其所轄市、區財政94.96億元，佛山市財政0.21億元，東莞市財政0.83億元，亞組委及亞殘組委組織的市場開發、捐贈等收入28.85億元，企業融資投入5.64億元。
資金安排用於亞組委運行經費60.49億元，亞殘組委運行經費6.68億元，亞運惠民交通補貼、場館運行保障、城市志願者及市政綠化等其他專項經費35.13億元，場館建設72.48億元。
廣州財政局局長袁錦霞指出，除了協辦城市的資金投入、企業出資等少量經費來源，辦亞運所花費的171.78億元，大部分來自亞運城土地出讓收入。她表示，亞運城土地整體出讓獲得的255億元，完全可以滿足辦亞運的資金額度。
此外，為迎辦亞運會和亞殘運會，廣州市在2005年至2010年6年期間，共投入城市重點基礎設施建設資金1090億元。《南方都市報》援引時任廣州市財政局局長張傑明的說法稱，城市建設投入是立足於城市發展而做的長期投入，不應簡單等同於「亞運投入」，「即使不開亞運會，這些項目我們還是要做，只是借亞運會召開的契機，把一些事情提前做了。」