在萬科管理層精心布局了幾個月之後，萬科引入深地鐵這一重組方案依然面臨挑戰。
6月17日下午，萬科A召開董事會，審議萬科和深圳地鐵公司的資產定增重組預案，董事會成員最終投出了7票贊同、3票反對、1票回避表決的結果，其中華潤的3名代表均投反對票，另一獨立董事棄權。鑒於同意票數未能達到三分之二，該預案是否能最後通過目前尚存爭議。記者註意到，11票的2/3，應是7.326票。根據萬科章程，公司在“擬訂公司重大收購、收購本公司股票或者合並、分立、解散和變更公司形式方案”等問題上，需要“由董事會三分之二以上的董事表決同意”。
據悉，華潤在前一日(16日)召開黨委會，決定在次日的萬科董事會上反對深圳地鐵重組預案。
華潤內部相關人士向第一財經記者表達了該公司的聲明稱：“一切以公告為準，華潤認為重組方案難以對萬科有持續性支持，反而，所有股東的權益將會被過度攤薄，同時也會導致每股盈利下降較大。所以，我們認為重組方案有待商榷。”
華潤有內部不願透露姓名的人士向第一財經記者表示，華潤不認為預案通過，因沒有獲得三分之二的董事同意。截至發稿，華潤律師依然在與萬科律師就是否“通過”進行溝通。
第一財經記者也曾報道過，就在3月17日下午3點，萬科在深圳大梅沙總部舉行2016年第一次臨時股東大會，表決《關於申請萬科A股股票繼續停牌的議案》，最終獲得97.17%贊成票通過該議案。這意味著，萬科A股股票將繼續停牌。然而議案通過後，萬科的第二大股東華潤集團股東代表對第一財經記者表示，這一次有關萬科A股繼續停牌一事，華潤投了贊成票，要求萬科股票繼續停牌。但上述華潤集團股東代表也明確表示，萬科與深圳地鐵合作公告，沒有經過董事會的討論及決議通過，是萬科管理層自己做的決定。