對交易所的清理整頓難度不斷加大，目前各地已有接近1000家交易所等待上報五部委聯席會議核准，此前這一數字不過為300家。
知情人士表示，根據證監會的內部文件，目前已經上報的交易所總數已大大超過了證監會的初步統計。
「此前的統計是全國有各類交易所300來家，但『誰的孩子誰抱』的原則明確後，各地政府爭先恐後地轉正交易所。」前述知情人士表示，「各地思路不同，但都是利益誘惑。」
距離今年2月初第一次「清理整頓各類交易場所工作會議暨部際聯席會議」上確定的「完成各項工作」截止時間（今年6月30日）還有不到2個月時 間。按照各省級政府公開的清理整頓方案，各地的清理整頓工作，已由前期的市場自查自糾階段，進入當地政府督導整改的對照檢查或重點檢查階段。
中國黃金集團正式入股天津貴金屬交易所（下稱天貴所），深圳文化產權交易所回購已經掛牌交易的藝術品份額，湖南文交所清退已經發售的資產包⋯⋯各地交易所的種種動作表明，自國務院下發相關文件後，各地對交易所的清理已進入一個實質性階段，思路各不相同。
誰的孩子誰抱
2011年11月，國務院對各省市政府及各部委下發《國務院關於清理整頓各類交易場所切實防範金融風險的決定》（國發〔2011〕38 號，下稱38號文），旨在對從事產權交易、文化藝術品交易和大宗商品中遠期交易等各種類型的交易場所（下稱交易場所）進行規範管理，防範金融風險，規範市場秩序。
自38號文出台伊始，媒體中就有對38號文「落地無聲」的評價，原有問題的交易所多數仍在運行，且又有「新盤」開張。
天貴所在相關文件出台後，停止了對「天通金」的新開戶業務，但現有客戶的業務還在進行。
央行聯合公安部、工商總局、銀監會、證監會等部門下發的通知明確指出，上海黃金交易所和上海期貨交易所是經國務院批准或同意的開展黃金交易的交 易所，兩家交易所已能滿足國內投資者的黃金現貨或期貨投資需求。任何地方、機構或個人均不得設立黃金交易所（交易中心），也不得在其他交易場所（交易中 心）內設立黃金交易平台，已開設的要立即停止，並妥善做好黃金業務的善後清理工作。
在證監會主導的第一次聯席會議召開後，即在正式文件中提出了「誰的孩子誰抱」的原則，要求各級政府切實承擔其責任。而各級政府出於對本地經濟的考慮，在整頓過程中竭力為交易所尋找出路。
38號文爭議
38號文開宗明義，提出其旨在規範產權交易、文化藝術品交易和大宗商品中遠期交易三種交易場所。
業內人士認為，對於不同類的交易所應該區別對待。在三類交易所中，運作規範的產權交易所的交易應當受到鼓勵，發展股權交易可有助於解決企業融資難的問題。而企業若得不到交易的機會，就沒有定價的機制。
對於文化藝術品交易所，西部證券場外市場部經理程曉明表示，文交所等對實物進行分割的交易所「在方向上就徹底是錯的。這種交易所只能是賭場。投資者無法基於對文物價值走向的判斷來進行交易，只能根據市場純粹炒作的判斷，這就是投機」。
「國外藝術品投資從未出現過這種交易形式。」一位藝術品界資深投資人士表示。國外較為成熟的藝術品投資主要是在一級市場，即畫廊等，「藝術品股票聞所未聞」。
對於這類交易所，上海股權託管交易中心總經理張云峰認為屬於一種「資產證券化」，這和不少業內人士認識相同。他表示，需要加強監管以及對投資者教育。
對於大宗商品中遠期交易來說，情況則更為複雜。數年前，各地的現貨交易所蓬勃發展，不少農產品和礦產品成為爆炒的對象。
華夏現貨商品交易所巨額詐騙事件、嘉興繭絲綢事件、高德黃金事件等風險事件層出不窮。而打著「現貨電子盤」之名、行期貨之實的場所為數不少。對這類交易所，監管機構儘管力求做到區別對待，但線下交割真實與否依然是難以查證的問題。
此外，對於交易所的運行制度是否合規，38號文給出了四個標準，即集中競價、電子撮合、匿名交易和做市商制度——這四條「紅線」均不可觸犯。
程曉明認為，競價交易應該是所有交易所都有的特徵。只要選擇交易對手，別人就無法根據交易價格判斷股價的走勢。以前交易所就有「紅線」，38號 文重申了這些限制。而場外市場的核心是做市商制度。場外市場是為投資者看不懂的企業服務的，投資者看得懂的場內市場不需要做市商，而做市商需要把上市公司 的原始材料「做成菜」。
而且業內人士普遍認為，對於38號文的一些規定，還需要進一步澄清，比如連續化、標準化等。「不能連續化是錯誤的，不存在絕對的連續，也不存在絕對的不連續。主板市場也是15微秒撮合一次。」張云峰表示。
目前，業內人士擔憂的，還是38號文將所有類型交易所統一規範的做法會壓制部分合規交易所的活躍性。而如股權交易所這樣的場外市場，本身在中國的發展也並不充分。「目前北京產權交易所等進行的都是過戶，不是交易，類似工商局的股份登記科，雙方談好了在那裡轉讓登記。」
張云峰介紹，目前上海、天津、重慶等地都有股權交易所，多數均不活躍。天交所更面臨做市商制度的改革。
「38號文的本意是針對文交所，但把除了股票交易所之外的所有交易所都涵蓋在內了。」一位業內人士表示。
轉為「官辦」
「在上海四個市場中，只有我們是完全規範的。只有一個蘊藏著具體風險，但也沒有運行。」張云峰介紹說。
北京整頓的重點依然放在漢唐藝術品交易所。
漢唐藝術品交易所是在38號文後「第一個停牌」的文交所。該交易所自去年11月起，即因涉及T+0、電子撮合、集合競價等交易模式而全面停牌。其對投資者的處理也最為複雜，尚未達成統一意見。
相比於北京，天津受關注的交易所更多。天貴所和天津文化藝術品交易所（下稱天藝所）都飽受爭議。自38號文下發以後，天貴所全面停止黃金交易業 務，同時引進中國黃金集團為股東，佔股12%。增資擴股後天貴所的國有股份上升至32.6%，註冊資金也由5000萬元增至1億元。
知情人士介紹說，天藝所也在考慮增資擴股。目前該所的第三大股東天津新金融投資有限責任公司，是由天津市財政局和濱海新區成立的國企，認繳出資額2030萬元，實際出資額710.5萬元，持股比例15.04％。
該國有身份的股東此前曾對媒體表示，不會幹涉交易所的業務。而天藝所正在考慮增加天津新金融投資有限責任公司的持股份額，從而實現「官辦」身份的轉化。
但證監會相關負責人士表示，交易所的風險與「官辦」還是「民辦」沒有關係，還是應從規則上入手，按照國家文件中的標準整頓。他表示，對於38號文還要進一步細化。
不僅交易所轉為「官辦」，天貴所的主管單位也已經確定，即天津市金融辦。當財新記者就該消息求證時，天津金融辦對此表示：「目前是這樣。」
「天津的思路就是把民資排除出去，國資相對來說規範一些。」一位地方政府的工作人員表示。」
對於交易所的轉「官辦」，天津金融辦副主任劉寧表示：「這都是交易所自己的行為，和政府沒關係。，國有股東不作為必要條件。主要是股權的多元化，不是說一定要有國有股。」
回購加轉型
除了「股改」加「官辦」之外，不少交易所也在交易品種和交易規則上進行轉變，尤其是備受爭議的文化藝術品交易所。
如南京文交所曾表示，未來很可能把重點放在文化企業股權融資方面；而江西文交所正對交易規則和准入門檻進行修改；湖南文交所在對去年已經發售但 沒有上市的資產包全部清退完畢後，在近期推出的《魅力湘西》門票淨收益權份額產品，也避免了進入藝術份額「類證券化」交易這一範疇。這些交易所開始將交易 標的從藝術品份額轉向文化企業股權及文化消費品實物產權，希望借此「逃過一劫」。
4月20日，深圳文化產權交易所（下稱深圳文交所）發佈藝術品權益拆分業務善後工作詳細安排的公告，成為第一家正式推出整頓措施的文交所。
根據公告，深圳文交所將回購天祿琳瑯楊培江美術作品資產包等六個資產包，回購簽約時間為5月2日至5月9日。根據公告，已掛牌交易的藝術品份額 將以投資者購入價回購，已發行未上市的份額由原始持有人和交易商原價回購。原始持有人、交易商和不接受回購的投資人按合法方式協商處置資產包藝術品。深圳 文交所和交易商退還所有對原始持有人、投資人的收費。在2011年3月停牌前，深圳文交所共發行了六個資產包，其中「天祿琳瑯1001號」「濰坊中仁 1101號」「逸德閣1101號」三個資產包已掛牌交易，「天香瓊脂」的三個資產包屬於定向轉讓。
目前，在一些地區清理整頓已經取得了較為明顯的成效。如山東省政府日前出台 《關於貫徹國發〔2011〕38號文件做好清理整頓各類交易場所工作的意見》，對山東省交易所整頓對象做出明確界定，並劃定工作進展時間表。山東省商務廳4月21日也表示，按照國務院和省政府相關安排，將對省內大宗商品交易市場和場所進行清理整頓工作。
有些交易所則及時「懸崖勒馬」。38號文出台之初，剛剛成立的一些文交所即將所有已發售產品份額回購，並尋求新的業務領域。
據媒體報導，湖南文交所提出要由單一藝術品交易轉型為多種類型的文化產權交易，建立起文化企業股權、文化企業收益權、版權、藝術授權、文化藝術品、文化消費品、文化類信託、文化基金、文化（廣告）創意等九個文化產權交易平台。
南京文交所則稱：「在未來的發展過程中，將主要精力及業務側重點集中在數字化版權及著作權類文化藝術產權（如影視版權、音樂版權、網絡遊戲版權、動漫版權、出版物、軟件等）。」
業內人士表示，文交所或可考慮將重點轉移至文化企業股權上，因為有盈利能力的企業才是可進行價值判斷的交易標的。
「草根交易所」被清理的同時，有正式身份的交易所則在加速籌辦。日前，由文化部牽頭籌建的「中國北京文化產權交易所」已進入報批階段。