4月27日，財政部發布《關於進一步加強政府和社會資本合作（PPP）示範項目規範管理的通知》（下稱《通知》），直接將84個PPP項目剔除出國家級示範項目名單，並要求另外存在瑕疵的89個項目抓緊督促整改，這其中就包括了6條地鐵PPP項目涉及資金1688億元。
這6條地鐵分別是北京地鐵軌道交通16號線和14號線，投資額分別是495億元和445億元。雲南省昆明市軌道交通4號線和5號線工程項目，投資額分別是266億元和193億元。徐州市城市軌道交通1號線一期工程項目，總投資162.78億元。蘇州市軌道交通1號線工程項目，總投資126.1億元。
財政部稱，北京地鐵16號線、14號線、徐州地鐵1號線整改原因是主體不合規。昆明地鐵4號線整改原因是主體不合規，運作不規範。昆明地鐵5號線整改原因是主體不合規，運作不規範，未按規定開展財政承受能力論證。蘇州地鐵1號線是因為運作不規範，未按規定進行信息公開而被要求整改。
PPP專家、清華大學教授王守清告訴第一財經， PPP項目主體有兩個方面，一個是政府主體，另一個是社會資本。財政部在這方面一直管得很嚴，即代表政府方簽約的必須是政府或者政府的事業單位，地方政府融資平臺公司比如京投不能作為社會資本方來簽署PPP合同。這次《通知》其實也特意強調。
《通知》稱，堅持政企分開原則，加強PPP項目合同簽約主體合規性審查，國有企業或地方政府融資平臺公司不得代表政府方簽署PPP項目合同，地方政府融資平臺公司不得作為社會資本方。
“由於現在外界看不到（北京）這兩條地鐵的PPP項目合同中的投資協議、股東協議等，現在還無法判斷這兩條地鐵主體不合格的具體含義。但目前市場上的確有些項目存在政府回購變相舉債，現在財政部要求嚴格規範做PPP，不允許地方借PPP變相舉債。”王守清說。
除了主體不合規外，昆明地鐵4號線和5號線、蘇州地鐵1號線均涉及運作不規範。第一財經記者聯系到的一位昆明軌道交通人士表示，對於目前運作不規範並不知情。
目前並不知道這些項目存在哪些不規範。不過上述《通知》著重強調一些禁止情況，比如合同中不得約定由政府方或其指定主體回購社會資本投資本金，不得弱化或免除社會資本的投資建設運營責任，不得向社會資本承諾最低投資回報或提供收益差額補足，不得約定將項目運營責任返包給政府方出資代表承擔或另行指定社會資本方以外的第三方承擔。不得以債務性資金充當項目資本金，政府不得為社會資本或項目公司融資提供任何形式的擔保。
財政部要求，對於上述存在瑕疵的PPP項目請有關省級財政部門會同有關方面抓緊督促整改，於6月底前完成。逾期仍不符合相關要求的，調出示範項目名單或清退出項目庫。