10月27日晚間，萬科披露2016年三季報。今年7、8月份買入萬科6.82%股份的恒大，之前被寫入萬科的前十大股東名單，但在三季報中已全然不見蹤影。有消息甚至稱，恒大已經減持套現。
此前數據顯示，截至今年8月15日，中國恒大集團持有萬科A高達7.73億股，占萬科總股本的比例約6.82%。而在三季報的前十大股東、前十大流通股東名單中，恒大已完全不見蹤影。
根據恒大今年8月8日披露，2016年7月25日至8月8日，恒大通過廣州市昱博投資有限公司(下稱廣州昱博)、廣州市奕博投資有限公司(廣州奕博)、廣州市悅朗投資有限公司(廣州悅朗)、廣州市凱軒投資有限公司(下稱廣州凱軒)、廣州市廣域實業有限公司(下稱廣州廣域)、廣州市欣盛投資有限公司(下稱廣州欣盛)、廣州市仲勤投資有限公司(下稱廣州仲勤)等多家公司，以競價交易的方式，買入增持萬科約5.52億股，占萬科總股份的5%。
根據披露，廣州昱博、廣州奕博、廣州悅朗持股數量最多，分別為1.566億股、1.647億股、1.732億股，持股比例為1.42%、1.49%、1.57%。剩余的廣州凱軒、廣州廣域、廣州欣盛、廣州仲勤持股比例均未超過1%，分別為0.37%、0.05%、0.05%、0.05%。
按照現行規定，對於達到舉牌線的股東，半年內不能買賣，否則就會構成短線交易，將會受到監管處罰。同時，作為持股超過5%以上的股東，恒大如果減持，必須發布公告進行披露。但截至目前，萬科、恒大並未發布此類公告。
對於恒大未在三季報前十大股東名單中出現，接近萬科的人士稱，恒大持有的萬科股份，是通過多家公司分散持股，而三季報中的前十大股東，是按照單一持股計算，而非合並計算。按照持股比例，其中任何一家公司，單一持股比例均未進入萬科前十大股東、前十大流通股東,因此恒大未在萬科三季報前十大股東中出現。
萬科三季報顯示，截至9月底，萬科前十大股東中，單一第一大股東為華潤股份有限公司，持股比例為15.24%，第十大股東持股數量為2.25億股，持股比例為2.04%。前十大流通股東中，持股最少的亦為2.25億股，持股數量均多於上述恒大下屬公司。
不過，今年8月8日之後，恒大進一步增持。根據萬科8月16日披露，截至8 月15 日，恒大通過其附屬公司在市場上收購萬科共7.53億股A股， 持股數量增加了約2.1億股,持股比例上升到6.82%，收購總代價約人民幣145.7億元，但未披露單一持股數量及比例。
不過,由於部分股東間存在關聯關系或一致行動人關系,萬科以往都會對存在類似情形的股東進行特別說明。如在10月27日晚披露的三季報中, 萬科就對深圳市鉅盛華股份有限公司及其一致行動人前海人壽、西部利得金裕1號資產管理計劃的關系進行了說明。
對此，上述接近萬科的人士稱，定期報告中對合並持股進行特別說明的，是針對前十大股東、前十大流通股東而言，單一持股比例未進入此列的股東，並未進行特別說明。
可作比較的是，寶能系的實際持股比例，在三季報中也未完全反應。寶能系持有萬科的鉅盛華、前海人壽、九個資管計劃，只有鉅盛華、前海人壽、西部利得金裕 1號在三季報中出現，合計持股比例為13.6%。