經過長達三年半的“拉鋸”之後，城鄉居民醫保的管理歸屬權之爭基本塵埃落定——在20個已經出臺整合方案的省份中，絕大多數省份將之劃歸人社部門管理。
清華大學公共管理學院教授楊燕綏在接受第一財經記者采訪時表示，城鄉居民醫療保險歸口人社部統一管理是大勢所趨，雖然居民醫保歸衛計委或是人社部管理各有利弊，但城鎮居民醫保和新農合的整合只是中國醫療保險系統整合的第一步，未來還要進行城鄉居民醫保和城鎮職工醫保的整合，顯然歸口人社部管理更加有利於推進更深層次的整合。
人社部的數據顯示，截止9月30日，全國已有2/3的省份(北京、天津、河北、內蒙古、上海、浙江、江西、山東、河南、湖北、湖南、廣東、廣西、重慶、雲南、陜西、青海、寧夏、新疆、兵團)對建立統一的城鄉居民醫保制度進行了總體規劃部署或已全面實現整合。在這些省份中，只有陜西省在出臺的醫改文件中提出將整合後的城鄉居民醫保劃歸衛生計生部門統一管理。
此前，我國通過城鎮職工基本醫療保險、城居保和新農合三種制度實現了醫療保險制度的全覆蓋，前兩項制度由人社部管理，新農合由衛生部農村衛生管理司合作醫療處來管理。
我國於2003年建立新型農村合作醫療制度(即新農合)，截至2015年底，全國參加新型農村合作醫療人口數達6.7億人，參合率為98.8%。2007年建立城鎮居民基本醫療保險制度(即城居保)，到2015年末，參加城鎮居民基本醫療保險人數為3.76億
楊燕綏表示，這兩種醫療保險制度形成的城鄉分割的狀況導致兩者之間存在籌資標準、經辦流程、保險待遇等多方面的差別。從全國範圍來看，新農合的醫療報銷待遇低於城鎮居民，醫保制度的公平性受到質疑，並且在一些地區出現了比較嚴重的重複參保和重複補貼的問題。
城鄉居民醫保整合在今年初被提上了政府的議事日程。 李克強總理在今年的政府工作報告中提出：“整合城鄉居民基本醫保制度，財政補助由每人每年380元提高到420元”。
今年1月，國務院印發《關於整合城鄉居民基本醫療保險制度的意見》(下稱《意見》)，就整合城鄉居民醫保制度政策明確提出了“六統一”的要求：統一覆蓋範圍、統一籌資政策、統一保障待遇、統一醫保目錄、統一定點管理、統一基金管理。
實現“六統一”最大的障礙是城鄉醫保管理權的分立。早在2013年3月，第十二屆全國人民代表大會第一次會議上審議通過的《國務院機構改革和職能轉變方案》就明確提出整合城鎮職工基本醫療保險、城鎮居民基本醫療保險、新型農村合作醫療的職責等，由一個部門承擔。但由於相關部門之間存在著不同的意見分歧，難以達成共識，從而導致到底是由衛生計生部門還是人社部門來承擔城鄉居民基本醫療保險的職能一直不能確定。
城鄉醫保管理權長期難以統一給地方的保險經辦工作帶來很多困擾。一位廣東省從事醫保經辦工作的人士對第一財經記者表示，2007年開展建立城鎮居民基本醫療保險制度試點之後，廣東省開始探索將新農合和城鎮居民醫保合並，將歸口人社部門管理，但由於在中央層面新農合仍然是歸衛生計生部門管理，一些中央關於新農合管理的管理文件下達到地方衛生部門之後就與經辦機構“失聯”了，部門之間的溝通成本非常高。
人社部門和衛生計生部門的僵持狀況在今年年初國務院《意見》發布之後得以改變，在制定城鄉醫保的整合方案中越來越多的省份選擇將管理權歸與人社部門，北京、上海、天津、重慶等4個直轄市明確將整合後的城鄉居民醫保劃歸人社部門統一管理。
第一財經記者了解到， 人社部已將“加快推動城鄉基本醫保整合”列為近期醫保工作的首要任務，要求各地努力實現年底前所有省(區、市)出臺整合方案，2017年開始建立統一的城鄉居民醫保制度。
人社部社會保險研究所所長金維剛公開表示，目前全國大多數地區都將整合之後城鄉居民醫保劃歸人社部門統一管理，城鄉居民醫保整合後管理體制的大格局已經基本確定。
根據人社部調查所了解的情況，在一些還在研究制定整合方案的地區中，還會有越來越多的地區將整合後的城鄉居民醫保劃歸人社部門統一管理。預計年底前各地全部出臺整合方案之後，全國絕大多數地區城鄉居民醫保都將由人社部門統一管理。
金維剛也表示，在多數地區整合後劃歸人社部門統一管理的主流趨勢已經形成的同時，在局部地區也出現一些波折，除了陜西省將城鄉醫保管理歸口衛生計生部門之外，福建省決定成立醫保管理委員會，下設醫保辦，掛靠財政部門。這種狀況導致出現“三分天下”的苗頭，有少數地方政府在研究制定整合方案及確定歸口管理部門方面還處於猶豫或觀望狀態，城鄉居民醫保整合面臨的形勢錯綜複雜。