針對各地報道疫苗短缺和疫苗政策過渡期銜接問題（（詳見《南方周末》2016年7月1日《疫苗一株難求，疫苗新政再檢討》）），2016年7月8日，國家衛生計生委疾控局相關負責人首度回應，並敦促各省積極建成新的平臺。
該負責人告訴南方周末記者，截止到7月7日，全國六省區已經建成了二類疫苗的省級公共資源交易平臺，分別是四川、寧夏、重慶、山西、陜西、山東，其中四川和寧夏已經通過該平臺進行二類疫苗招標，而吉林、上海、浙江、河南、廣西、雲南等省市則通過原有的疫苗招采程序完成招標。
“我委已經註意到疫苗短缺和政策過渡期的問題，並采取了措施，目前疫苗總體滿足需求，但過渡期不可能無限期延長。”該負責人表示，希望各省按照國家要求，早日建立平臺，而不是觀望等待。
脊灰疫苗的短缺也是社會公眾最為關心的問題之一。今年5月1日，由於全國脊灰疫苗免疫策略調整，我國已經全面停用三價脊灰減毒活疫苗（糖丸），並首針采用脊灰滅活疫苗（IPV），剩余采用二價脊灰疫苗（boPV）。據統計，除河南省外，其余的30個省份和新疆建設兵團都采購調度了二價脊灰疫苗（boPV）；21省采購調度了脊灰滅活疫苗（IPV）。
“IPV疫苗存在缺口。我們也在積極會同各部商討解決辦法。”國家衛計委承認，目前我國boPV疫苗的產量基本可以滿足，但因為各地履行采購程序、疫苗分發、配送均需要一定時間，所以出現個別地區的疫苗短缺現象。而IPV僅有兩家疫苗企業生產，按照兩家企業目前上報的產量，今年，整個IPV疫苗缺口有160萬支，而到了2017年，缺口可能達到800萬支。
脊髓灰質炎俗稱小兒麻痹癥，系由Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊灰病毒感染引起的急性傳染病，多發於嬰幼兒，曾被醫學界稱為“威脅兒童生命和健康的最大殺手”。目前世界各國主要通過使用註射用脊髓灰質炎滅活疫苗（IPV）和口服Sabin株脊髓灰質炎減毒活疫苗（OPV）進行預防。而首針接種滅活疫苗（IPV），將大大降低疫苗相關病例的發生。
據了解，在新政調整之前，IPV疫苗屬於二類疫苗，企業自主定價，每劑的售價大概為140元-190元，每個小孩要打4次，算下來就760元左右。據統計，2014年中國新生兒為1687萬人，依此推算，如果每個小孩都接種國外進口的滅活疫苗，每年花費120多億元。而如果能納入一類疫苗，采購價將大大降低，僅為30~40元。有人據此批評政府幹涉市場定價。
“進入一類疫苗降價太多，企業可能會不願意。”有疫苗企業人士說，他解釋因為脊灰疫苗短缺是全球現象，企業更願意銷售到售價更高的地區，以昆明所為例，該疫苗研發多年，投入巨大，剛上市，並不希望以低價進入一類疫苗，而巴斯德在全球市場上銷量很好，也不希望降價大量供應中國市場。
“一類疫苗盡管價格低，但用量大，長遠來說對企業是好事。我們希望企業能具有社會責任感，盡快加大產能供應，讓所有的寶寶都能順利得到免費接種。”衛計委相關負責人呼籲，無論是政府還是企業，為兒童提供最大程度的健康保障才是最終目的。
“調整期間，按程序需要接種脊灰減毒活疫苗的兒童需暫時推遲接種，但並不會影響接種效果，希望家長放心。”中國疾病控制預防中心的免疫規劃中心主任醫師鄭景山說。