五月十四日，台南市長賴清德在民眾抗議聲中，通過以「鐵路地下化」之名擬定的六項都市計畫變更案。這項計畫進行超過二十年，此次定案卻從原本只是「徵用」土地，最後還是還給老百姓，如今改為「徵收」，民眾再也回不去自己的老家，因此引發激烈抗爭，也成為賴清德這位支持率超過七成的市長，面臨主政以來最大的信任危機。
台南市鐵路地下化工程主要是為改善鐵路沿線平交道，以及地下道衍生的交通問題。原本沿線三百多戶居民都支持，後來會演變成抗爭，主要原因是鐵軌設計改變。一九九六年通過環評的版本，是將地下鐵軌設在既有鐵軌下方，施工期間向鐵路東側居民徵用土地做臨時軌，完工後再拆除臨時軌把地還給居民。
但二○○九年行政院核定的新版本，改成直接在鐵路東側做永久軌，由交通部鐵工局負責興建，台南市政府隨後提出都市計畫變更，這三百多戶從原本「徵用」變成「徵收」。徵收與徵用，一字之差，但居民卻要永遠失去家園，人生巨變。
至於為什麼鐵路非要東移、又為什麼非要採取強制徵收手段，台南市府的說法始終無法讓居民信服，導致爭議越演越烈，主要有以下幾項疑點。
台南市政府表示，推動都市計畫變更徵收三百多戶是為了「配合」鐵路地下化工程，賴清德在十四日台南市都委會通過後也說，此案採行政院版本，未來還要送內政部審議，最後核定權在中央，幾乎撇清所有台南市政府的責任。
疑點一：為了開發利益？難保證拿土地做商業利用
政治大學地政系助理教授戴秀雄認為，這是一個典型以都市計畫變更進行土地徵收的例子。台南市有都市計畫的絕對主導權，並非是只配合交通部才做的計畫。他問：「鐵路地下化完工覆土後，交通部還要不要用地表？」如果用不到，為什麼不能讓土地恢復私有。
大地工程師王偉民表示，這是全台灣有史以來在都市精華區最大面積的土地徵收，徵收後的開發利益非常龐大。賴清德則說，當初的確有將這些土地做商業利用的想法，既然大家質疑，這次都市計畫變更一併將未來地下化鐵軌上方土地、以及現有鐵軌拆除後的土地全部做道路，他保證沒有人有機會利用徵收的土地去謀利。
但他的保證能維持多久？因為都市計畫隨時都可以變更，細部計畫更是台南市自己核准就好，不必送中央審查，一旦開發地價翻漲數十倍，但卻是用非常低價徵收民宅，如果這點沒說清楚，居民如何甘心，土地不明不白被徵收。
疑點二：拿工法當藉口？沒威脅到公益，不應強徵收
賴清德表示，如果在鐵路東側蓋臨時軌，要做臨時火車站跟平交道，有些路段還要往外拆六米，拆的房子可能更多。而且鐵軌要切換兩次，對照行政院版本只要切換一次，時間會加長、經費增多，對交通的衝擊更大。
王偉民說，鐵軌切換是鐵工局的核心專業，根本不用台南市政府擔心，而且切換鐵軌只要一個晚上，並不困難，也沒有所謂時間加長、衝擊交通等問題。
戴秀雄則認為，工法的差異除非是天文數字、或非這樣做工程無法進行，否則省錢、省時間、或經費自償都不構成公共利益，自然不能以此做為徵收土地的理由。
疑點三：都市計畫不透明？跳過重劃、換地等人性手法
一位八十歲陳媽媽的家也在徵收範圍內，她在十四日台南市都委會上聲淚俱下：「我們再活也不過幾年，明明不用拆我們房子也可以做，為什麼非拆不可？」土地徵收之無情、政府都計權之濫用、審查制度之無能，在那個場合表露無遺。
戴秀雄說，都市計畫在規畫階段就要選擇對民眾產權侵害較小的方式，但政府對保障基本權利的價值認知非常薄弱，加上都計階段不公開透明，地方首長握有都計大權，就像拿著尚方寶劍亂砍，高興怎麼劃就怎麼劃，導致人民權利被剝奪。他說，就算非要土地不可，也可優先採用換地、直接購買、或市地重劃等更人性的方式，但現在都跳過這些，直接土地徵收，無非就是想用便宜價格取得土地。
面對抗爭，台南市府強調將採市價徵收，但政大地政系教授徐世榮提醒，土地徵收條例雖明訂市價補償，但又規定所謂市價，是由縣市政府提交地價評議委員會評定，所以並非真的市價，而是幾近公告的低地價，形同搶奪人民財產。
以上疑點本可透過公開程序釐清，但台南市政府、交通部一再拒絕舉行聽證會，連十四日的都委會，事前資訊不上網、現場只允許五名自救會代表發言，會中因住戶陳致曉發言時間過長，連同王偉民、徐世榮三人被警力強行帶離，更讓居民感到黑箱審查的氛圍。
賴清德如果鐵路東移的土地徵收沒處理好，賠上民意信任度，將是這位滿意度高達七成的市長施政上的最大敗筆。而政府土地徵收一直以來都是只問效率、利益，其中少了顧及民眾對土地感情的依賴，即便支持率排名第一的賴清德，也無法擺脫前人的舊路；期待土地徵收有一天會做到「賓主盡歡」 ，似乎越來越難了。
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1996年版施工範圍：鐵路地下化範圍（在既有軌下方）土地使用方式：徵用東側民宅，完工後還地於民工法差異：鐵軌切換2次，時間及經費增加利益爭議：鐵軌切換簡單，沒有利益問題
2009年版施工範圍：鐵路地下化範圍（在既有軌東側）土地使用方式：徵收東側民宅，完工後土地歸公工法差異：鐵軌只要切換1次，時間及經費減少利益爭議：徵收土地，是為了開發利益
（設計從臨時軌變永久軌，因此土地從徵用變徵收）
資料來源：台南市政府、工程師王偉民 整理：朱淑娟