4000億鐵路建設資金的陸續到位，未必能保證鐵路重點建設項目的順利推進。
負責某高鐵項目建設的鐵路系統人士透露，今年安排的4000億建設資金將用於推進「四縱四橫」高鐵在建主幹線的全面復工，但這4000億覆蓋的僅僅是合同內的高鐵造價，超出可行性研究報告資金概算的部分仍然需要施工方暫時墊付。
「根據不同的項目造價，施工方在單個項目上已經墊付的資金少則數千萬，多則已有數億元。」上述人士說，這樣的狀況發生在高鐵項目遍地開花之後，在此之前，一些合作的施工方手中大都握有十多億甚至20億的現金流。
這實際上已經造成施工方和鐵道部雙輸的局面——施工方因為無力再繼續墊付巨額的建設款項，不得不拖延工程進度；建設期拖得越長，鐵道部的資金狀況越糟糕，項目一日不投入運營，就一日不會有收益入賬，還要支付巨額貸款利息。
而鐵道部剛剛公佈的一季度財報顯示，鐵道部當前的總負債已經超過2.4萬億元，資產負債率超過60%。
事 實上，中國高鐵線路的可行性研究報告的資金概算與實際建造成本一直存在巨額差價。以早已運營通車的武廣高鐵為例，這條線路2004年獲批的可行性研究報告 中給出的資金概算是930億元，但最終的造價超過1200億，這還是在將廣州南站等多個項目剔除後的造價，而最初930億的資金概算中涵蓋了廣州南站項 目。
工程造價窟窿的出現與劉志軍時代的高鐵建設「大躍進」思路不無關係。另一位負責某高鐵線路建設的鐵路系統人士告訴記者，當初在「大干 快上」的思路下，上百個項目交由4家設計院操刀，招投標時僅僅按初步設計招投標，來不及做詳細的概算。「獲批的僅僅只是一個相當粗糙的初步設計，缺乏具體 細節。」
比如目前大部分高鐵項目概算的人工費標準仍然參照上世紀90年代標準，但施工方實際支付給工人的薪酬已經翻了一倍。
此外，高鐵項目從最初獲批到最終完成施工一般耗時6年甚至更長，這一時間內的地價和材料費用也出現了大幅攀升。以砂石料為例，幾年時間價格已經翻了約5倍。
而另一個關鍵因素是，在當初高鐵「大躍進」的思路下，很多項目的規模和技術標準被擅自擴大和提高。
由此上述種種造成的資金黑洞最終到底將如何填補，至今尚未有明確說法。
目前，一些「活動」能力較強的施工方能通過合同降造費或預備費的形式，從鐵道部處獲得資金，部分彌補材料和人工等成本上漲的損失，但相較於概算價格與現實造價的巨額價差，這也僅僅是杯水車薪。
「能夠實現現金流持平的施工方，公關能力已經相當了得。」前述鐵路系統人士說。
一個現實的問題是，高鐵這類重點項目如果最後的造價超出最初可行性研究報告中概算價格10%，就需要重新立項審批。「土地拆遷等費用的上漲尚可剔除在10%之外，但材料、人工以及融資成本的上漲難以排除在外。」他說。