開始，只要有深圳證券交易所的股票賬戶，就可以參與新三板的買賣。2007年，個人投資者參與新三板交易被叫停，只有機構賬戶才能繼續進行交易。
今年9月7日，新三板擴大試點啟動儀式在位於北京金融街附近的全國政協禮堂舉行。中國證監會和北京、天津、上海、湖北四省市的分管領導分別講話，整個儀式進行了半個小時。比起過去中小板和創業板，場面低調許多。
新三板擴容的低調啟動背後，是業界對其的不斷爭議。儘管2004年中國證監會已經明確將建設多層次資本市場提上議程，新三板也被認為是多層次市場的 重要一環，但由於中小板、創業板一路走來，高門檻、高發行價和市場資源過度集中到少數公司的問題一直被詬病，這些問題也給新三板的推進造成不利影響。
此外，各地場外市場建設曾經出現的混亂局面，也使得管理層在推進新三板時非常慎重。證監會希望將新三板建設成為全國性的場外市場，與地方性的場外市 場形成高低搭配，共同促進多層次資本市場的完善。但是二者之間的界限究竟如何劃分，各自使用怎樣的監管尺度，直到目前仍未有定論。
更直接的掣肘因素則來自於低迷的資本市場。新三板很難對股市資金造成分流，但由於市場信心過於脆弱，監管層也不得不考慮新三板擴容的心理影響。
所有這些因素，最終導致了一個折中方案的出台。新三板僅僅新增了三個試點園區，而不是擴大到全國範圍；交易規則也沿用中關村時代的老規則體系，其中的許多制度安排已經顯得過於保守。
歷時六年，新三板建設仍然處於爬行當中，但是正如一位券商場外市場部負責人所言：「好歹是生出來了。」通過六年量變的積累，如今新三板掛牌公司已經近140家，一旦制度規則突破200人股東限制，其發展潛力就不能小覷。
流動性「陷阱」
場外市場的歷史實際上要比滬深股票交易所更早。雖然後者成為主流，但是由於審批制的存在，上市公司一直是稀缺資源。相比於數量有限的上市公司，有股權融資需求的中小企業數量十分巨大，因此市場分層勢在必行。
新三板是相對於「老三板」而言的，後者是一個為退市股票提供報價轉讓的市場，2006年深交所在承接「中關村非上市股份公司代辦股份轉讓」平台維護工作時，利用了老三板的系統。新三板的俗稱便沿用了下來。
一開始，只要有深圳證券交易所的股票賬戶，就可以參與新三板的買賣。當時又恰逢牛市啟動，因此新三板公司剛開始著實火了一把。
2007年，個人投資者參與新三板交易被叫停，只有機構賬戶才能繼續進行交易。這樣的措施旨在防止當時的炒作之風蔓延到新三板，同時也是對個人投資 者的一種保護。但是失去交易活躍的個人賬戶之後，新三板的報價轉讓日益萎縮。以至於近兩年來，大多數掛牌公司鮮有交易，個別轉讓的交易真實性也值得懷疑。
試點六年來，新三板僅完成445筆交易，總成交金額不足4億元。流動性的嚴重不足也影響了新三板的定價能力，不利於融資和PE/VC機構的退出。代辦券商對此也多有怨言，一些相關業務的負責人在各種場合呼籲推出做市商制度。
但在根本上，新三板流動性的不足緣於其股東人數的限制。在這個板塊掛牌的公司屬於「非上市股份公司」，股東人數不得超過200人。如果其股東人數要超過200人，則只能選擇在滬深證券交易所申請上市。
2006年，在中關村園區進行新三板試點的同時，證監會成立了一個新的部門——非上市公眾公司部，準備將股東超過200人，但是不在交易所上市的公眾公司納入監管範疇。同時，公眾公司部也在加緊制定有關的監管辦法。但是這部證監會內部法規一直到6年後才正式發佈。
今年7月，《非上市公眾公司監督管理辦法》正式發佈，允許國務院批准設立的全國性場外市場突破股東人數200人的限制。但是由於種種現實條件的限制，新三板擴容後並沒有馬上利用新的政策。
事實上，證監會擬建的全國性場外市場正式名稱是「全國中小企業股份轉讓系統」，目前新三板的管理雖然已經從深交所轉移到證券業協會，但仍然是一個過渡期的架構。對於何時真正過渡到一個全國性場外市場，監管層沒有給出一個時間表，但正在推進制度規則的研究。
「穩中求進，以穩為主。」在被問及新三板擴大試點的節奏時，新三板籌備小組的一位負責人對第一財經日報《財商》記者說。
分層設計
與地方性場外市場的關係，也一直是新三板建設中的一個關鍵因素。
在2011年之前，證監會對地方性場外市場持有保留意見，原因在於歷史上這些市場曾經出現過監管缺失、風險失控的問題。
就在2010年，一家號稱「河南納斯達克」的股權交易所在鄭州開展，但是不到一個月即被叫停。去年，國務院發佈38號文對交易場所進行清理整頓，要求各地金融辦加強對包括股權交易所在內的交易場所加強監管和風險監控，嚴禁連續交易、做市商和拆細份額等類證券交易的行為。
但今年以來，證監會對於地方場外市場的態度卻發生了很大的轉變，由冷淡轉為積極引導。多位證監會高層實地調研了重慶、上海等地的區域性場外市場，將其作為全國性市場的有益補充予以規範和支持。
不過，區域性的場外市場仍然不能超過200人股東的紅線。這一方面是出於防範系統風險的考慮，另一方面，也給全國性市場預留了空間。