據最高人民檢察院網站消息，日前，最高人民檢察院經審查決定，依法對國家安全部原黨委委員、副部長馬建以涉嫌受賄罪立案偵查並采取強制措施。案件偵查工作正在進行中。
2015年1月16日，中央紀委監察部網站發布消息，國家安全部副部長、黨委委員馬建涉嫌嚴重違紀違法接受組織調查。
2016年12月30日，中央紀委監察部網站發布消息，經中共中央批準，中共中央紀委對國家安全部原黨委委員、副部長馬建嚴重違紀問題進行了立案審查。
經查，馬建嚴重違反政治紀律和政治規矩，對抗組織審查，轉移、藏匿涉案財物;違反組織紀律，不按規定報告個人房產等有關事項，違規為家屬辦理出境證件;違反廉潔紀律，利用職務上的便利為親屬經營活動謀取巨額利益;違反工作紀律，濫用權力幹預執法司法活動;利用職務上的便利為他人謀取利益並收受巨額財物，涉嫌受賄犯罪。
馬建身為黨的高級領導幹部，理想信念喪失，嚴重違反黨的紀律，造成嚴重後果，且在黨的十八大後仍不收斂、不收手，性質惡劣、情節嚴重。依據《中國共產黨紀律處分條例》等有關規定，經中央紀委常委會議審議並報中共中央批準，決定給予馬建開除黨籍處分;由監察部報國務院批準，給予其開除公職處分;收繳其違紀所得;將其涉嫌犯罪問題、線索及所涉款物移送司法機關依法處理。