從1999年至今，全國土地出讓總價款累計已近30萬億元，這里面地方政府拿走了多少，被征地的農民又分到了多少?
這涉及到“土地財政”中一個重要問題，即土地的增值收益是如何分配的?所謂土地增值收益，就是改變土地現有用途或者增加開發強度而新增的純收益。
一般而言，土地出讓總價款在減去了地上附著物補償費、青苗補償費、拆遷補償費、土地開發費和相關業務費等五項費用後，剩余金額就是土地增值收益，它包括支付給農民的土地補償、安置補助費、農民社會保障費用，也包括政府收取的各類稅費和獲得的出讓金純收益。
失地農民補償相對較低
當前土地增值收益的分配格局是什麽樣的情況?比較被公眾認可的觀點認為,總體上，目前土地增值收益分配中政府占有份額較高，被征用土地的農民占有份額較低。
根據農業部農業政策研究中心研究員廖洪樂2008年的一項研究，以全國土地出讓為例，1995年全國每公頃土地出讓金純收益為66.1萬元，其中政府獲得47.2萬元，集體和農民獲得18.9萬元，政府與集體和農民的土地增值收益分配比例為2.5:1。到了2005年，這個比例擴大到9.7:1。
集體和農民土地增值收益分配比例不斷降低，直接原因在於征地補償標準提高幅度遠跟不上地價上漲幅度。
廖洪樂的研究顯示，1995—2005年間，土地出讓價格上漲了3.6倍，而征地補償標準卻只提高了0.5倍。如果與政府商業用地出讓收入相比，集體和農民在土地增值收益分配中的比例會更低。根據2007年對東部某市的調查，政府征用農民水田、集體建設用地和未利用土地用於商業開發時，政府與集體和農民的土地增值收益分配比分別為48：1、98：1和196：1。
不過，也有部分經濟發達地區(在全國，比例不高)，集體經濟組織用自己的土地搞工商業開發，其土地增值收益部分主要由集體和農民占有，國家在增值收益中分配的比例過低。
最近幾年來，城市建設用地價格迅猛上漲，而征地補償標準卻沒有做出相應調整，新增提高的農民社會保障費用也有限，致使集體和農民在土地增值收益分配中處於更加不利的地位。
事實上，農民為改變土地增值收益分配中的不利地位，做出了艱難的抗爭。最近十年來，農民群體性事件不斷增加，土地增值收益分配不合理也是一個主要原因。
為了保護農民利益，近年來,中央政府多次強調轉變現有土地增值收益分配格局。黨的十八大報告提出，改革征地制度，提高農民在土地增值收益中的分配比例。
黨的十八屆三中全會通過的《中共中央關於全面深化改革若幹重大問題的決定》中要求，縮小征地範圍，規範征地程序，完善對被征地農民合理、規範、多元保障機制。建立兼顧國家、集體、個人的土地增值收益分配機制，合理提高個人收益。
廖洪樂對第一財經記者表示，轉變目前的土地增值收益分配格局並不容易，既得利益集團不想做出改變，城市利益集團、地方政府甚至是相關主管部門，出於自身利益或部門權力考慮，都不願意做出改變。
政府的理由：增值歸公
造成當前土地增值收益分配不合理現狀的根源，除了利益格局和利益群體已經形成，不願改變現狀，此外還有理論層面的分歧。
在我國，土地增值收益分配的矛盾集結點主要是農地轉非的增值歸屬。目前主要有三種理論觀點，第一種是“增值歸農”論，第二種是“增值歸公”論，第三種是“公私兼顧”論。
不過，從土地使用制度改革至今，增值歸公的理論一直被多數地方政府所采用，並延續至今。
這也有現實背景，自1994年我國開始推行分稅制，地方財政與中央財政分成比例調整，地方財力實際上收到擠壓，支出壓力開始加大，當時無論是中央抑或地方政府的主流看法均是土地出讓收入要為城市發展做貢獻。
《中國土地年鑒1996》207頁顯示，北京1995年國有土地使用權有償出讓收入37億元，其中征地費僅619萬元。
曾擔任國土資源部副部長的李元2005年在其《中國城市化進程中的征地制度改革》一文中表示，“主張農用地轉為建設用地的增值全部歸於被征地農民”聽起來似乎有道理，但不符合國情，也不符合土地利用和管理的規律，實行起來難以操作，當前也不宜采用。
“有一些人甚至寫文章說，政府通過征地剝奪了農民幾萬億。這樣的宣傳是錯誤的。因為它混淆了農用地和建設用地不同的價格。”李元稱。
他認為，農用地由於收益低，因此價格低。建設用地由於收益高，因此地價也高。這種土地的升值，是由於政府代表社會的投入所致。有的地塊，眼前政府雖未投入，但由於被代表公眾利益的規劃確定為建設用地，具有了升值的機會。這種農用地轉為建設用地的增值歸於國家，用於社會，是世界各國普遍采取的原則。
李元認為，建設部一份研究報告表明，每年僅為農村人口進入城市，政府就要投入4000億元用於基礎設施建設。在現實生活中，一些地方政府在獲取和使用土地增值收益方面確有許多的不規範，但不能因此得出結論，要把土地增值收益全部歸於被征地農民，那只能帶來更大的不公平和混亂。當然，政府在土地增值的使用上，要照顧農村發展的需要。