在上市前夕，阿里巴巴集團再次調整業務結構，將目前歸屬阿里巴巴集團的中小企業貸款業務與資產將出售給小微金融服務集團，對價為5.18億美元（約合人民幣32.19億元）現金代價和7年年費收入。
按照阿里巴巴的說法，這一交易旨在令阿里巴巴專註於其核心電子商務業務，消除其資產負債表中包含貸款組合的直接風險。
資產註入後，阿里巴巴與支付寶的分成協議也將改變。
阿里巴巴獲得的稅前利潤分享從上一版協議規定的支付寶公司的49.9%調整到小微金服集團的37.5%，盡管比例所有下降，但小微金服不再只是支付寶這一家公司，而是包含了中小企業貸款、眾安在線、天弘基金、招財寶等眾多資產，以及未來可能的網絡銀行業務。
新協議還規定，小微金服或者支付寶IPO時，原先的一次性現金回報60億美元的上限被取消，但IPO的條件是市值達到250億美元，這意味著小微金服付給阿里集團的一次性現金回報至少為93.75億美元。
這讓阿里巴巴集團及其背後的股東軟銀、雅虎未來能夠獲得更高的潛在收益。
招股書還提到，未來如果小微金服提出申請並獲得監管機構書面許可，小微金服將增發33%的股權以“交換”阿里巴巴集團擁有的利潤分享和現金補償的權益。
這給阿里巴巴集團入股小微金服留出了空間，如果監管允許，阿里巴巴可以通過入股獲得更直接、更長期的收益。
除了風險隔離與利潤分享重塑，協議還厘清了阿里巴巴集團和小微金服的商業關系與業務範圍。據雙方的不競爭承諾，阿里巴巴集團不得開展小微金服從事的金融服務，而小微金服不得從事阿里巴巴集團所從事的業務。
二者之間劃清“界限”，或將幫助阿里巴巴避免關聯交易以及同業競爭的局面發生。
目前，小微金服集團是支付寶的母公司，在20011年鬧的沸沸揚揚的支付寶事件中，阿里巴巴為了符合監管要求拿到第三方支付牌照，在雅虎等董事並未完全同意的情況下，將支付寶的所有權轉讓給了一家中國內資公司——小微金服（此前外界一直認為這家公司由馬雲控制，有人質疑馬雲將支付寶裝進了自己口袋），此後三方簽訂協議，小微金服承諾在上市時予以阿里巴巴集團一次性的現金回報。回報額為支付寶在上市時總市值的37.5%（以IPO價為準），回報額將不低於20億美元且不超過60億美元。
根據後來公開的股權結構數據，全體員工占比40%，戰略投資者占比60%，其中，馬雲作為全體員工的一員，持有比例不會高於他在阿里巴巴集團的持股比例（即不超過8.9%）。這次的招股說明書再次確認了這一點。
但《華爾街日報》提到，阿里巴巴和支付寶的關系一直受到投資者的密切註意。阿里巴巴的創始人、董事局主席馬雲(Jack Ma)持有支付寶母公司46%的權益。
阿里巴巴預計在今年秋天在紐交所上市，其對自身的估值為1330億美元，在此次IPO中，阿里巴巴有望融得200億美元的資金，躋身全球最大IPO之列。