全國食品抽檢已經連續進行了三年，一些社會關註度較高的食品品種和指標抽檢合格率逐年提高。
2016年，國家食藥監總局在全國範圍內組織抽檢了25.7萬批次食品樣品，總體抽檢合格率為96.8%，與2015年持平，比2014年提高2.1個百分點。2017年的食品抽檢將更有靶向性，使經費更有的放矢。
國家食品藥品監督管理總局副局長郭文奇在新聞發布會上介紹， 2016年基本實現了食品種類、獲證企業、檢驗項目、經營業態、行政區域五個全覆蓋; 風險分級原則得到更好實現，安全項目、高風險品種、市場份額較大企業作為抽樣重點; 四級布局分工更為合理，總局和省、市、縣抽檢的企業、項目各有側重，實現了各級監管力量的優勢互補。
據郭文奇介紹，2016年抽檢發現的不合格產品中，主要問題有：一是超範圍、超限量使用食品添加劑，占不合格樣品的33.6%。二是微生物汙染，占不合格樣品的30.7%，其中因致病性微生物導致的不合格樣品占此類不合格的25.6%。三是質量指標不符合標準，占不合格樣品的17.5%。四是重金屬等元素汙染，占不合格樣品的8.2%。五是農藥獸藥殘留不符合標準，占不合格樣品的5.5%。六是生物毒素汙染，占不合格樣品的1.1%。七是檢出非食用物質，占不合格樣品的0.7%。八是其他問題，占不合格樣品的2.7%。
國家食藥監總局食品監管一司司長張靖表示，對於一些企業，總是大錯誤不犯，小錯誤不斷，過去沒有辦法處理，現在新修訂的《食品安全法》有了一條收底條款規定，食品生產經營者一年內累計三次因為違反本法規定受到責令停業、吊銷許可證以外處罰的，由食品藥品監督管理部門責令停產停業，直至吊銷許可證。
針對2017年的食品抽檢，郭文奇表示，要更加聚焦靶向。從檢驗項目看，更突出系統性、區域性風險抽檢，如蔬菜、茶葉中的農藥殘留，畜禽肉及肉制品、水產品和雞蛋中的獸藥殘留等，而近三年未檢出不合格樣品的部分項目暫不列入抽檢計劃;對日常檢查發現或投訴舉報的問題及時安排抽檢。
國家行政學院副教授胡穎廉在接受第一財經記者采訪時也表示，後續抽檢要更有代表性和針對性，更多抽檢風險集中的環節和領域;要在強調千人抽檢批次的基礎上提升靶向性和捕獲率;處理好快檢和抽檢的關系。
國家食藥監總局食品監管三司司長王紅表示：“我們強調“四級”都有靶向，並不是總局集中實施。”
據王紅介紹，總局的五個靶向是： 一是時間上，分季度對應季的食用農產品，主要是鮮活的。二是地域上，前幾年大數據分析以後很多問題有高度的集中區域，所以對既往抽檢發現問題比較集中的區域進行專項食品的抽檢。三是對重點企業進行抽檢，總局主要是對市場占比比較高的大型企業進行抽檢。四是總局側重對檢驗方法比較新的、社會敏感度、關註度比較高的項目進行抽檢。五是對輿情及社會反映的熱點問題安排專項抽檢。
此外，王紅還表示，對省一級主要是三個靶向：一是從規模上主要對本省的大型企業以及大型批發市場、連鎖超市和大型餐飲企業進行抽檢。二是從風險程度上加強對本省本地區多發性的風險較高的食品品種和項目進行抽檢。內部信息系統是互聯共享的，並且省里重點組織對中小學、幼兒園食堂、學校周邊、城鄉接合部這些重點場所進行抽檢。三是對問題集中度上加強對既往檢出發現過甚至兩批次或者多批次的企業進行跟蹤性抽檢。市里的重點也比較明確：一是對本地區市場銷售的蔬菜、水果的農獸藥殘留，畜禽肉水產品的獸藥殘留進行抽檢。二是對市縣餐飲食品特別是小餐飲的抽檢力度。三是對小作坊、小攤販抽檢力度。