轉基因重大產品產業化，是“十三五”期間中國要推進的工作之一。但從橫向對比來看，中國的科研實力跟國外仍然存在相當差距。
日前，在全國媒體記者轉基因報道研修班上，中國工程院院士、“轉基因重大專項”總工程師萬建民稱，當前，中國在轉基因原始創新能力、研究能力處於第一方隊相對偏後的位置，可能超越了日本，接近歐盟，但是跟美國相比，差距仍然很大。
以1980-2014年批準轉基因專利數為例，美國以6023項位列第一，占全部授權專利的44.0%，中國為2812項(20.5%)位居第二，但是數量明顯少於美國。不過，跟為列第三的日本(10.5%)已經存在較為明顯的領先優勢。
中國農科院生物技術所研究員黃大昉提到，我國轉基因水稻、玉米、棉花這些作物上，水稻和玉米的抗蟲性狀等方面的轉基因研發和產業化的準備上已經達到了國際先進水平。他認為，這是可以和跨國公司相抗衡的。但是也應該承認，我國的整體水平跟美國存在差距，特別是在產業化的推進上，中國是滯後的。
在產業化方面，中國存在的不足集中在三個方面。
一是資金投入的不足。
農業生物領域科學家張世平稱，跟國際跨國公司相比，中國的劣勢很明顯。因為他們起步很早，前幾年的專利都壟斷在前六家跨國公司手中，而且他們的科研資金、人才投入非常充足。還有，跨國企業長期在全球各國布局。
以先正達為例，公司每天的預算都有2000萬，在科研的長期積累和資金支持方面，中國肯定處於劣勢。因為中國的轉基因重大專項中央政府投入只有100多億，而且是13年的總預算，再加上地方政府的配套只有200多億。頂多是先正達這一家公司一千天的預算。
二是知識產權保護起步較晚，專利申請方面的人才奇缺。
萬建民稱，過去所有的育種專家都希望把培育的品種或者基因無償提供出來，認為這是對社會的貢獻。如今來看，假如沒有知識產權保護，那麽重大的成果就得不到很好的利用，因此必須由市場機制來推動這些成果的使用。這就使得科學家的知識產權的意識越來越強。
令人遺憾的是，在跟國際接軌的同時，外國會以知識產權保護對中國施壓。
當前，中國在國際上受保護的專利數量並不多。而且中國的專利水平保護低，範圍小。不過，同樣的專利，如果讓專業人士來申請的話，專利所覆蓋的範圍會更廣，這樣讓其它人侵犯專利的範圍就更小。正是因為這方面的人才缺乏，導致我國申請的時候往往只申請一方面，很多方面都丟了。
萬建民提到，國外跨國公司的法規部門都有大量的專家從事轉基因產業化方面的法規研究。目前的人才引進政策中，沒有將這方面的人才納入。
三是生物育種產業化程度低。
跟國外研發體系以企業為主體不同的是，中國目前主要的研究力量集中在大學和科研院所，但是他們的研究成果與市場需求是脫節的。萬建民提到，這些科學家不是以盈利為目的進行研究，是以個人的貢獻來考慮的，對市場需求的了解跟公司相比存在差距。
林祥明更是直言，科學家不能太任性，不能過分按照個人興趣去做科研。他認為，如果在市場中沒有產生價值，即使很多東西處於領先，但是並沒有意義。以目前已經頒發安全證書的7種作物為例，除了4個證書尚在有效以外，其中有3個已經作廢了，在實踐過程中也沒有商業化。
盡管存在不足，但是中國本土企業也有自身的優勢。
張世平認為，跨國企業涉及的研究領域很廣泛，但是國內企業可以將研究方向收窄。同時，開發出針對本土市場、環境的產品。比如，在中國，亞洲玉米、東方黏蟲是對國產玉米危害較大的蟲害。那麽國內企業開發出對應產品，將會很快占有市場，而且還能擁有相應專利。此外，國內成本較低也是優勢之一。
在未來轉基因技術產業化的過程中，萬建民認為，阻力首先來源於產品本身，即是否有好的產品，能夠打敗國外、能夠打敗傳統的產品，其次才是社會能不能接受，再然後才是國家對轉基因采取的政策。