據國家衛生和計劃生育委員會4月6日通報，截至4月5日17時，全國共報告人感染H7N9禽流感確診病例16例，其中死亡6人。病例分佈於上海（6例，死亡4例）、江蘇（6例）、安徽（1例）、浙江（3例，死亡2例）。報告的16例確診病例間未發現流行病學聯繫。所有病例的密切接觸者均已採取醫學觀察措施。只1名密切接觸者出現症狀，但已排除人感染H7N9禽流感，其餘密切接觸者均未發現異常。目前疫情處於散發狀態，尚未發現人傳人。
4月5日新增2例
江蘇省衛生廳4月5日通報，江蘇省新確診2例人感染H7N9禽流感病例。
患者殷某，女，61歲，南京市秦淮區人，退休在家。3月20日患者發病。4月2日因病情加重轉至南京某醫院治療。目前，患者病情危重，正在全力搶救。患者陸某，男，79歲，南京市秦淮區人，退休在家。3月21日患者發病。3月31日因病情加重至南京某醫院治療。目前，患者病情較重，正在全力 搶救。
除江蘇外，其他地區4月5日未通報新的病例。
4月6日起上海暫停活禽交易
農業部4月5日晚上9點多消息，國家禽流感參考實驗室再次從上海市送檢的738份樣品中檢測到19份H7N9禽流感陽性樣品，8份陽性樣品來自松江區滬淮農副產品批發市場，其中雞7份、環境樣品1份；3份來自閔行區景川市場，其中雞1份、環境樣品2份；8份來自閔行區鳳莊市場，其中雞2份、鴿子2份、環境樣品4份。此前，4月4日，國家禽流感參考實驗室從上海市送檢的松江區滬淮農副產品批發市場鴿子樣品中檢測到H7N9禽流感病毒。
浙江則有鵪鶉驗出H7N9病毒。據新華網4月6日消息，浙江省衛生廳3日確診的第二例人感染H7N9禽流感患者病前在上城區濱盛農副產品商行活禽攤點購買並食用過鵪鶉。杭州市疾控中心5日已從該活禽鵪鶉攤點上的鵪鶉中檢出N7H9病毒。目前該病毒樣品已送國家疾控中心複檢，並等待最後確認。6日凌晨，杭州市有關部門已對濱盛農副產品商行內放存的活禽進行撲殺，並暫停該商行內的活禽交易。
另據上海政府新聞新聞辦公室官方微薄「@上海發佈」4月5日消息，上海4月5日再次就H7N9禽流感疫情防控舉行新聞發佈會。上海市政府新聞發言人徐威通報，4月6日起，上海全市範圍內暫時停止活禽交易，並關閉所有活禽市場。徐威表示，將對相關人員進行一定的經濟補償。
上海市農委副主任邵林初表示，暫停活禽交易會產生一系列問題，上海將儘量減少老百姓損失，包括儘量不損害經營者和養殖戶的基本利益。上海已經關閉松 江區滬淮農副產品批發市場活禽交易區，被檢測出H7N9病毒的鴿子主人正在配合肉鴿來源調查，所有禽鳥已經被撲殺，共計2萬餘隻，並進行了無害化處理，對 商販等擬以不低於市場價50%的標準給予補償。
上海從4月6日起對全市3大活禽批發市場和461家活禽零售點以及各類花鳥市場，暫停活禽、野生鳥類的交易活動，並對所有活禽交易市場進行清理、消毒和封閉管理，堅決取締各類馬路市場活禽交易行為。暫時封閉公園等的進入式鳥園、鴿場等場所，鳥類表演等活動。
央視新聞官方微博@央視新聞4月6日消息，上海市信鴿協會緊急通知：2013年全市、區、縣信鴿比賽即日起全部暫停，任何信鴿組織及個人不得以任何名義組織信鴿賽事及信鴿司放活動。
世衛組織：無法就中藥是否能預防H7N9病毒做出評論
新華網4月6日消息，世界衛生組織發言人格雷戈裡·哈特爾5日表示，目前在中國確診的所有H7N9感染病例的密切接觸者中，沒有人的H7N9病毒檢測呈陽性，而且沒有跡象表明病例之間有流行病學聯繫，現階段沒有證據顯示該病毒可以「持續人際傳播」。
針對關於使用「持續」這個說法是否表明該病毒有人際傳播可能的提問，哈特爾表示，在對密切接觸者的跟蹤觀察結束前，必須保持警惕，現階段還不能就病毒是否具有人際傳播能力下定論。
哈特爾還表示，他無法就中藥是否能預防H7N9病毒做出評論，世衛組織推薦的預防方式包括個人衛生防護、避免接觸患病動物和死動物等。此外，初步試驗結果顯示，奧司他韋和扎那米韋等神經氨酸酶抑制劑可能對該病毒產生影響。