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關於牛糞的管理問題，現代牧業曾在招股書中寫道：「我們各畜牧場每天平均產生約700噸牛糞，全部均經我們於各畜牧場的中央發電系統收集及加工，轉 為生物氣用以發電。繼而透過我們的循環系統將餘下的牛糞循環再用，以轉化為肥料。我們生產的肥料主要用於我們本身的飼料種植田或提供予當地農夫（大部分為 免費），當地農夫則向我們供應飼料」，「我們的各個畜牧場均配備牛糞處理設施，足以處理各畜牧場產生的所有牛糞」。
記者在丹東村現場卻看到，傾倒的牛糞沒有經過處理，不像在肥東縣那樣的沼液。丹東村村長楊大寶和現代牧業一內部員工也向記者證實了這一點。
乳業專家：未經處理排放是絕不允許的
乳業專家王丁棉指出，一頭奶牛每天約產生50公斤排泄物，以現代牧業一個牧場萬頭奶牛的規模，如果將未經處理的新鮮牛糞直接投放到農田裡，牛糞中的大量有害細菌會對農作物造成嚴重破壞，這種做法是絕不允許的。
2002年，為鼓勵生態養殖，減緩農業面源污染加重的趨勢，國家環保總局發佈了《畜禽養殖業污染物排放標準》（以下簡稱 《標準》）。該標準在制訂過程中遵循了不破壞受納環境的原有使用功能；不影響人們的身體健康和正常生活；鼓勵生態養殖，減少末端污染物處理量等原則。
《標準》規定，用於直接還田的畜禽糞便，必須進行無害化處理；禁止直接將廢渣傾倒入地表水體或其他環境中；畜禽糞便還田時，不能超過當地的最大農田負荷量，避免造成面源污染和地下水污染。
2001 年3月，國家環保總局第9號令 《畜禽養殖污染防治管理辦法》（以下簡稱《辦法》）第十四條亦對牛糞的處理作出了明確規定：畜禽養殖場應採取將畜禽廢渣還用、生產沼氣、製造有機肥料、製 造再生飼料等方法進行綜合利用。用於直接還田利用的畜禽糞便，應當經處理達到規定的無害化標準，防治病菌傳播。
萬頭牧場隱憂：空氣污染+疫病
據瞭解，將牛糞還用、製造有機肥料、製造再生飼料等處理方法，是目前國內外普遍採用的做法，但業內通常認為，要徹底解決牛糞污染問題，目前仍是一個世界難題。
「牛 身上的味道就不說了，光是牛放屁排出的二氧化碳，都會給空氣帶來很大的污染，甚至造成溫室效應，即使是在奶牛養殖業最發達的新西蘭和澳大利亞也存在這樣的 問題，甚至引發究竟是發展養殖還是控制養殖的爭論。」上海銘泰銘觀乳業諮詢公司總經理勞兵對《每日經濟新聞》記者說。
然而，與現代牧業不同的是，國外幾乎沒有一個畜牧場的存欄量達到萬頭規模。「北美一般在1000~2000頭，西歐大多在80~100頭，不會超過200頭，而新西蘭恆天然牧場一般也只有兩三百頭的規模。」東方艾格乳業分析師陳連芳說。
光明乳業（600597.SH）控股子公司上海光明荷斯坦牧業有限公司旗下的20多個牧場，平均每個的存欄量控制在1000頭左右。此外，恆天然在華投資興建的第三個牧場，設計乳牛存欄量也就3200頭。
在 陳連芳看來，現代牧業給周邊環境造成的污染問題，癥結就在其引以為傲的萬頭規模養殖。「養殖規模越大，奶牛高度集中產生的甲烷廢氣就越多，對空氣的污染也 就越大。」陳連芳說，國外牧場之所以把規模控制在千頭以內，還有一個考慮就是防疫，一旦疫病出現，規模大的牧場損失就更加慘重。萬頭牧場養殖密度很高，這 麼多奶牛集中飼養，疫病控制令外界擔心。
現代牧業招股書顯示，截至2010年6月30日，現代牧業在全中國經營11個畜牧場，總佔地面積約3892.84萬平方米。11個畜牧場中有10個的設計存欄量為1萬頭乳牛。
牧場距居住地不足200米
畜 牧場的選址與佈局也決定了其對周邊居民的影響程度。根據衛生部2010年5月發佈施行的 《動物防疫條件審查辦法》規定，動物飼養場、養殖小區選址應距離城鎮居民區、文化教育科研等人口集中區域及公路、鐵路等主要交通幹線500米以上。種畜禽 場應距離生活飲用水源地、動物飼養場、養殖小區和城鎮居民區、文化教育科研等人口集中區域及公路、鐵路等主要交通幹線1000米以上。
據記者現場目測，現代牧業馬鞍山牧場距離丹東村不到200米，肥東縣牧場的排污口距離村口更是不到50米。在四川，有些村民居家之處距離現代牧業洪雅牧場的直線距離也就二三十米。
十一屆全國人大三次會議期間，胡振鵬等30位全國人大代表提出議案，要求加快畜禽規模養殖污染立法。《畜禽養殖污染防治條例》已經列入2010年國務院立法工作計劃的二類立法項目，環保部會同農業部已經完成送審稿，於2010年年初上報國務院法制辦。
全國人大環境與資源保護委員會認為，當前我國畜禽養殖業發展迅速，帶來了建設佈局不合理、污染物超標排放嚴重等問題。該委員會建議，國務院法制辦結合代表議案提出的規範、引導、保障畜禽規模養殖產業可持續發展的有關建議對畜禽養殖污染條例審查修改，儘早提交國務院審議。