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發行公告中的美好描述，並不等同於現實。記者通過實地調查並走訪相關人士、政府部門後發現，現代牧業在上市前，污染、土地租賃等方面的問題已經存在，但在發行公告中並沒有真實披露。
「最先進」牧場管不好「牛糞」？
根 據現代牧業的發行公告書及相關公開資料，位於安徽省馬鞍山市的畜牧場為公司所擁有的首個畜牧場，於2006年全面投產。現代牧業稱，公司經營著中國最完善 的大型畜牧場，擁有極具經驗的管理層，綜合設施及最先進的繁殖、喂飼及畜群管理技術，名下畜牧場也根據先進科學的規劃設計與興建。
在牛糞處理方面，公司稱，各畜牧場每天平均產生約700噸牛糞，全部經過各畜牧場的中央發電系統收集及加工，轉為生物氣用以發電。繼而透過公司的循環系統將餘下的牛糞循環再用，以轉化為肥料。且公司各個畜牧場均配備乳牛廢物處理設施，足以處理各畜牧場產生的所有乳牛廢物。
但 記者在當地採訪中看到的、村民反映並得到相關政府部門證實的情況是：丹東村已由「衛生村」變成了「蒼蠅多得可以用手抓」的「蒼蠅村」；在現代牧業肥東牧 場，處理後的牛糞沼液被排入田地，致水稻減產，所在地長王村成了村民口中的「牛屎村」；在現代牧業洪雅牧場，村民遭遇「蒼蠅襲城」，並懷疑井水也被污染。
也就是說，從2006年至今，現代牧業的污染一直存在。其發行公告中及相關資料中所稱的「足以處理各畜牧場產生的所有乳牛廢物」成了「真實的謊言」。
根 據現代牧業的介紹，該公司已設計出一個有效及全面的循環再用系統，降低公司畜牧場及其他營運開支。其中涉及牛糞處理的一環是，畜牧場內產生的牛糞每數小時 均利用大型牛棚清潔器 （稱為走道刮糞機）進行持續清潔及收集。牛糞其後均通過地下集糞池流入單一集糞槽，並泵往厭氧消化器處理。消化器則產生沼氣，然後用於發電。剩餘的經加工 牛糞則用作乳牛睡臥用的墊料。同時也會透過循環系統將餘下的經加工牛糞用來生產廢料。廢料不僅用於公司自有的飼料種植田，而且可以提供給向公司供應飼料的 當地農民。
但記者在當地看到，載有牛糞的車輛隨意將牛糞傾倒在農田裡。此前的媒體報導也揭示，2007年時，馬鞍山牧場曾將牛糞傾倒至毗鄰的南京市江寧區橫溪鎮的一些村莊。
刊 登於合肥市政府網站、信息來源為「肥東縣」的名為《造福群眾 合肥全力把好沼液還田綜合利用關》的文章稱，現代牧業（肥東）有限公司現存欄奶牛18000頭，奶牛的排泄物經過特殊工藝處理就可以成為沼液，每天可生產 700~800立方米沼液。現代牧業在農場內建有3個沼液儲存池，累計可儲存沼液約6萬立方米，儲存的沼液會通過車輛送往周邊23個沼液中轉池，再由中轉 池最終到達消納沼液的田間地頭，無償提供給周邊群眾使用。該文透露，現代牧業曾將沼液外運任務承包給兩家運輸公司，但這兩家運輸公司為節約成本，發生過傾 倒沼液的情況，此後沼液外運任務即由現代牧業自有的10部專用運輸車承擔。
而現代牧業肥東牧場所在地長王村的村民在牧場進駐後，卻編出了「全國人民喝牛奶、肥東人民喝牛尿」的順口溜。
當地村民介紹，從牧場接出的管道直接向田裡排放 「熱氣騰騰的沼液」。《每日經濟新聞》記者在現場看到，至少有數十畝田地被填滿了處理過的牛糞沼液，部分沼液流入水稻田中。「現在的長王村，簡直就是『牛屎村』。」有村民說。
面 對這種情況，現代牧業在11月24日回覆記者時卻稱，目前牧場的糞污處理系統都可以正常有效地處理牧場的牛糞尿，經過厭氧發酵處理後產生的沼渣作為牧場牛 舍臥床的墊料，不存在牛糞隨意傾倒。牧場內的牛糞尿經過厭氧發酵處理後通過管道輸送到周邊牧草種植地中，實現沼液還田，符合處理流程。
實際上，在上市材料的風險提示環節中，公司也清楚環保方面出現問題可能面臨的麻煩。現代牧業稱，若不遵守這些法律法規，造成環境污染，可能會被中國環保部門處以罰款，情況嚴重的會被中國政府責令停業或關閉任何未遵守法律法規的業務。
土地租用的還是無償？
現 代牧業於上市材料中稱，公司合共擁有11個經營中的畜牧場，其中4個畜牧場已取得國有土地使用權，餘下7個則使用承包土地。此7個使用承包土地的畜牧場之 中，2個使用承包國有土地，5個使用集體所有農地或林地，並與擁有農地或林地的地方農村、城鎮委員會簽署長期承包土地。馬鞍山牧場所在地丹陽鎮丹東村、山 河村422位村民或集體組織系與馬鞍山領先牧業有限公司訂立了承包土地轉讓協議書。公司表示，在租賃及使用集體所有制土地時並未面臨任何糾紛或阻力。
但是，在現代牧業昨日（11月24日）給記者的回覆中，卻稱並「未曾和農民接觸」，所獲土地均為政府無償向企業提供，至於政府同村民具體如何簽訂相關文書，企業並不清楚。
《每日經濟新聞》記者在馬鞍山現代牧場的調查顯示，村民所獲相關土地協議的乙方為「馬鞍山現代牧業股份有限公司「，並非地方政府，也非「馬鞍山領先牧業有限公司」。同時，另有部分村民並未拿到這份土地協議，而在被認為應由村民個人簽字的部分，也被指認為由同一人代簽。
而 在安徽省合肥市肥東縣白龍鎮長王村，現代牧業擁有土地總佔地面積2383畝。上市材料稱，馬鞍山現代牧業有限公司肥東分公司與肥東縣白龍鎮人民政府訂立了 農村土地承包經營權租賃合同，自2009年1月1日起至2025年9月30日期滿。長王村當地村民及村支書卻向記者反映，現代牧場佔地時，無論是村一級政 府還是村民，均未和現代牧業簽訂任何協議或土地租賃合同，合同是由鎮政府與現代牧業方面簽署的。當地村支書王國應說，他甚至沒有見過那份合同。當地白龍鎮 黨委副書記李前進則稱，合同系由現代牧場與縣裡簽署，鎮裡也不瞭解情況。
如果真如現代牧業所說「並未面臨任何糾紛或阻力」，為何要土地租賃事宜如此「詭異」？